Budynek Szkoły Podstawowej w Babiaku funkcjonuje od ponad 60 lat. Decyzję o budowie szkoły władze gminne podjęły w grudniu 1946 roku na wniosek Społecznego Komitetu Budowy Szkoły, który powstał z inicjatywy ówczesnego kierownika szkoły Bolesława Palmy. Na lokalizację obiektu wybrano działkę o powierzchni 1,50 ha położoną przy ulicy Poznańskiej i przystąpiono do gromadzenia materiałów budowlanych. Budowę rozpoczęto latem 1949 roku a 24 lutego 1953 roku budynek został oddany do użytku. W pracach budowlanych przez cały czas ofiarnie uczestniczyło miejscowe społeczeństwo i dzieci szkolne. Uczniowie otrzymali w użytkowanie 12 izb lekcyjnych, a wkrótce dobudowano również salę gimnastyczną. W latach sześćdziesiątych otynkowano budynek szkolny oraz ogrodzono siatką otoczenie szkoły i boiska szkolnego. Położono „lastrico” na dolnym korytarzu i klatce schodowej, wyposażono parter i piętro w urządzenia sanitarne. W salach lekcyjnych z biegiem lat urządzono klasopracownie: matematyczną, geograficzną, języka polskiego, biologiczną, fizyko – chemiczną oraz trzy sale do nauczania początkowego.

Wraz z polepszeniem się warunków lokalowych podnosił się także poziom nauczania. Kadra pedagogiczna liczyła blisko 20 nauczycieli. Funkcję kierownika szkoły do roku 1967 pełnił Bolesław Palma. Jego następcą został równie aktywny społecznie i zawodowo Ludwik Szczepański.

Znaczącą datą w historii szkoły był dzień 19 lutego 1973 roku, kiedy to szkoła otrzymała imię wielkiego polskiego astronoma – Mikołaja Kopernika. Od tej pory 19.lutego jest Świętem Patrona Szkoły.
Z nowym rokiem szkolnym 1978/ 79 nastąpiła zmiana rejonizacji szkół, a funkcję dyrektora szkoły objął Władysław Czernielewski. Obniżono stopień organizacyjny szkoły w Dębnie i Wiecininie oraz zlikwidowano 4 – klasowe szkoły w Zakrzewie i Brzeziu. Uczniów tych szkół włączono do obwodu Szkoły Podstawowej w Babiaku, którą przekształcono w Zbiorczą Szkołę Gminną.
W 1984 roku dotychczasowy dyrektor szkoły Władysław Czernielewski objął stanowisko Gminnego Inspektora Oświaty, a funkcję dyrektora, rada pedagogiczna powierzyła Markowi Nadolnemu. Jego zastępcą przez 6 lat był Jan Tomicki , a w ostatnim roku Teresa Grabkowska. W tym okresie szkoła borykała się z ogromnymi trudnościami finansowymi. Niewielkie fundusze pozwalały jedynie na drobne remonty i zakup niezbędnego sprzętu. Mimo to kilka izb lekcyjnych wyposażono w nowe meble, dokonano wymiany ogrodzenia, doposażono salę gimnastyczną w nowy sprzęt sportowy, wymieniono trzon kuchenny oraz instalację elektryczną.
W 1991 roku konkurs na dyrektora szkoły wygrała Krystyna Śliwa, powołując na swego zastępcę Henryka Starostę. Ich staraniem, jak również dzięki poparciu Rady Gminy, w lecie 1992 roku założono w szkole centralne ogrzewanie.
Z dniem 1 stycznia 1996 roku, w związku ze zmianami stanu prawnego dotyczącymi przejmowania szkół przez samorządy, organem prowadzącym Szkoły Podstawowej w Babiaku, stały się władze samorządowe gminy Babiak. Pracując na dwie zmiany w trudnych warunkach lokalowych, szkoła osiągała dobre wyniki. Potwierdziła to wizytacja kompleksowa przeprowadzona przez Kuratorium Oświaty na przełomie kwietnia i maja 1999r. Podkreślono dbałość o ład i porządek, sprawność organizacyjną oraz zaangażowanie dyrekcji, nauczycieli i rodziców w pracę na rzecz szkoły.
Rok 1999 przyniósł zmiany wynikające z reformy ustroju szkolnego w naszym kraju. Następstwem tychże zmian było przekształcenie ośmioletniej szkoły podstawowej w szkołę sześcioletnią oraz utworzenie Gimnazjum z miejscami nauki w Bogusławicach i Brdowie. Funkcję dyrektora gimnazjum władze samorządowe powierzyły Krystynie Śliwie. Dyrektorem Szkoły Podstawowej w Babiaku z dniem 1. września 1999 roku został Henryk Starosta. Wraz z wprowadzeniem w życie reformy oświaty, budynek szkoły musiał pomieścić uczniów szkoły podstawowej i gimnazjum. Dyrektorzy szkół dzieląc siedzibę współpracowali ze sobą stwarzając przyjazny i życzliwy klimat do nauki i pracy.
Pięćdziesiąt lat istnienia szkoły wywarło na niej piętno czasu. Potrzeba było wielu inwestycji. Dzięki zaangażowaniu dyrekcji, na mocy decyzji Rady Gminy w 2000 roku przeprowadzono w szkole kapitalny remont, pierwszy od czasu powstania obiektu w 1953 roku. Wnętrze budynku uległo zasadniczej zmianie. Dokonano wymiany podłóg, instalacji elektrycznej, stolarki okiennej i drzwiowej, gipsowania i malowania ścian. Przy współpracy z Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa wyposażono kuchnię szkolną w nowoczesny sprzęt.
Kolejne zmiany organizacyjne w funkcjonowaniu szkoły przyniósł rok 2003. Z dniem 1. września uczniowie gimnazjum mogli już rozpocząć naukę w nowo wybudowanym obiekcie, co znacznie poprawiło warunki lokalowe naszej szkoły. Szkoła Podstawowa w Babiaku przejęła obwód szkolny likwidowanej Szkoły Podstawowej w Dębnie Królewskim.
Z początkiem roku szkolnego 2003/2004 utworzono stanowisko zastępcy dyrektora, które powierzono Beacie Kujawa – Rutkowskiej. Funkcję tę sprawowała do 2007 roku, kiedy to objęła stanowisko dyrektora szkoły po odchodzącym na zasłużoną emeryturę Henryku Staroście.
Od roku 2007 do chwili obecnej funkcję dyrektora szkoły pełni Beata Kujawa – Rutkowska. Zastępcą dyrektora od 2010 r. jest Maria Kubska.
Dzięki staraniom dyrekcji szkoły i dobrze układającej się współpracy z organem prowadzącym szkołę – Gminą Babiak udało się pozyskać środki na kolejne prace modernizacyjne. W roku 2005 przeprowadzono adaptację strychu tworząc nowoczesne pomieszczenia, które przeznaczono na: bibliotekę szkolną, salę muzyczną, salę do zajęć pozalekcyjnych oraz archiwum szkolne. W roku 2006 przeprowadzono remont sali gimnastycznej, jak również modernizację dachu budynku, który wyposażono w płotki przeciwśnieżne i częściowo wykonano pokrycie dachu. W latach 2007 – 2009 przeprowadzono termo renowację części budynku, jak również pomalowano całą elewację na budynku szkoły.
Od roku szkolnego 2009/2010 do Szkoły Podstawowej w Babiaku uczęszczać zaczęły dzieci sześcioletnie. Była to największa grupa uczniów sześcioletnich rozpoczynających naukę w klasie I w województwie wielkopolskim. W związku z tym przygotowane zostały dla uczniów odpowiednie sale lekcyjne, przystosowane zarówno do nauki, jak i zabawy.
W roku 2009 udało się w szkole utworzyć miejsce zabaw dla dzieci – w ramach programu „Radosna Szkoła”.
Ważnym rokiem okazał się dla szkoły rok 2010.W roku tym powstał na terenie przyszkolnym (również w ramach programu „Radosna Szkoła”, który wspierany był przez organ prowadzący szkołę – Gminę Babiak) plac zabaw dla dzieci oraz rozpoczęły się prace mające na celu utworzenie zespołu boisk „Orlik”. W roku 2010 pomalowano część pomieszczeń szkolnych, w tym wszystkie korytarze.
Dzięki efektywnym działaniom Włodarzy naszej gminy 1.maja 2011 roku oddany został do użytku nie tylko kompleks boisk sportowych, ale również bardzo dobrze wyposażone zaplecze sportowe (szatnie z prysznicami, pomieszczenia trenerów oraz magazyn sprzętu sportowego). W roku 2011 powstało również asfaltowe boisko do nauki jazdy rowerem, na które pozyskano środki w ramach realizacji programu edukacyjnego „Nauczę się jeździć na rowerze”.
W latach 2011-2013 prowadzone były również inne prace na terenie przyszkolnym. Udało się utworzyć nowoczesne parkingi, z których korzystają m.in. autokary dowożące uczniów do szkoły, jak również nauczyciele i mieszkańcy. Cały teren przyszkolny został ogrodzony ,a całość zamykana jest po zakończeniu pracy szkoły. Od roku 2007 szkoła objęta jest monitoringiem wizyjnym – w budynku i na zewnątrz zainstalowano kamery, co bez wątpienia wpływa na poprawę bezpieczeństwa. Cały obiekt chroniony jest całodobowo przez uprawnioną do tego agencję ochrony. W latach szkolnych 2011/2012 i 2012/2013 szkoła brała udział w realizacji programu edukacyjnego „Indywidualizacja procesu nauczania uczniów klas I – III”, a w latach 2012/2013 i 2013/2014 w realizacji projektu „Wiedza naszym atutem”. Dzięki udziałowi w w/w projektach szkoła doposażona została m.in. w tablice multimedialne. W roku 2012 w ramach projektu „e-start mieszkańców Gminy Babiak” otrzymaliśmy sprzęt komputerowy.
We wrześniu 2017 roku  rozpoczęto wdrażanie wielkiej reformy systemu oświaty w Polsce. Zgodnie z jej założeniami Gimnazjum im. Konstytucji 3 Maja w Babiaku uległo likwidacji, zaś 6-letnia Szkoła Podstawowa  im. Mikołaja Kopernika w Babiaku została przeksztalcona w szkołę 8-klasową. Nauka odbywa się w dwóch budynkach: budynku A przy ul. Poznańskiej 5 oraz w budynku byłego gimnazjum, zwanego budynkiem B przy ul. Poznańskiej 22a. Funkcję dyrektora szkoły nadal pełni p. Beata Kujawa – Rutkowska a jej zastępcą jest p. Maria Kubska. Obecnie do Szkoły Podstawowej im. Mikołaja Kopernika w Babiaku uczęszcza 286 uczniów. W szkole zatrudnionych jest 38 nauczycieli i 18 pracowników obsługi. Szkoła posiada dwie pracownie komputerowe, dwie biblioteki i dwie świetlice. Dzieci uczą się dwóch języków obcych: języka niemieckiego i języka angielskiego. Szkoła jest bardzo dobrze wyposażona w różnego typu pomoce dydaktyczne, jak również nowoczesne meble. Kadra nauczycielska posiada odpowiednie kwalifikacje. Dyrekcja dba o dobrą organizację i sprawne funkcjonowanie szkoły.